潔凈室的分類可以從兩個主要維度進行劃分：一是基于氣流流型的分類，二是基于主要控制對象的分類。
首先，從氣流流型的角度來看，潔凈室可分為以下幾類：
1、單向流潔凈室：此類潔凈室中，空氣流動方向單一，通常自潔凈室的某一側流向另一側，確保空氣在流動過程中不產生大的渦流，從而保持室內環境的潔凈度。
單向流氣流凈化利用活塞和擠壓原理，將塵埃粒子從一端推至另一端，并用潔凈氣流替換污染氣流。這種凈化方式包括垂直和水平兩種流型。
垂直單向流是潔凈氣流自頂部向地面流動，速度是0.25m/s～0.5m/s，能實現高潔凈度級別，但投資及運行成本高昂，因此應減少使用面積，僅用于關鍵部位。
水平單向流則是氣流從送風墻流向對面的回風墻，速度是0.3m/s～0.5m/s，可實現100級潔凈度。
2、非單向流潔凈室：與單向流潔凈室不同，非單向流潔凈室內的空氣流動方向并非單一，可能存在多個流動方向，這種流動模式通常用于對潔凈度要求稍低的場所。
非單向流氣流的凈化原理是稀釋原理。一般型式為高效過濾器送風口頂部送風；回風的型式有下部回風、側下部回風和頂部回風等。用不同送風換氣次數，可實現不同的潔凈度級別。
3、混合流潔凈室：這類潔凈室結合了單向流和非單向流的特點，部分區域采用單向流設計，而另一部分則采用非單向流設計，以滿足不同區域的潔凈度需求。
混合流潔凈室的特點是將垂直單向流面積壓縮到最小，用大面積非單向流替代大面積單向流以利節省初投資和運行費
4、矢流潔凈室：此類潔凈室利用特定的氣流組織形式，使空氣在室內形成特定的流動路徑，從而達到高效去除室內污染物的目的。
矢流潔凈室的氣流以放射型流線形式流出，流線間無豎向交叉，因此能以較少的送風量實現較高的潔凈度。這一特點使得矢流潔凈室在某些特定的實驗室中得到了廣泛應用。
5、不同潔凈級別潔凈廠房的送風量、冷量投資耗電的指標（僅供參考）
氣流流型 | 潔凈級別（級） | 送風量 （m/s）(次/h) | 耗冷指標（W/m2） | 投資指標（元/m2） | 耗電指標（Kw/m2） |
單向流 | 垂直 10 - 100 | ＞0.25m/s | 1300~1500 | 10000~13000 | 1.25~1.35 |
水平 100 | ＞0.3m/s | 800~1000 | 5000~6000 | 0.9~1.0 | |
非單向流 | 1000 | 50~60次/h | 600~700 | 2800~3000 | 0.25~0.33 |
10000 | 25~30次/h | 500~600 | 2000~2200 | 0.22~0.26 | |
100000 | 15~20次/h | 350~400 | 1400~1600 | 0.13~0.16 |
其次，從主要控制對象的角度來看，潔凈室可分為以下兩類：
1、工業潔凈室的核心任務是控制灰塵粒子，無論其是否具備生命特征。工業潔凈室廣泛應用于電子、航天、航空、機械、化工、化學制藥、能源、納米等多個工業領域。特別是微電子和光電子工業，更是離不開潔凈室及其相關技術。
2、生物潔凈室主要關注有生命的微生物粒子，如病菌、病毒等，這些活的粒子對人類、動物及環境構成潛在威脅。生物潔凈室在醫療（如潔凈手術室、潔凈病房）、生物制藥、實驗動物飼養、生物安全實驗室、食品、化妝品以及衛生防疫檢疫等領域得到廣泛應用。近年來，生物潔凈室的發展迅速，并得到了國家和地方政府的認可與高度重視。
3、工業潔凈室與生物潔凈室的對比表
比較項目 | 工業潔凈室 | 生物潔凈室 |
研究對象（主要） | 灰塵、粒子只有一次污染 | 微生物、病菌等活的粒子不斷生長繁殖，會誘發二次污染（代謝物、糞便）。 |
控制方法 凈化措施 | 主要是采取過濾方法。粗、中、高三級過濾，粗、中、高、超高四級過濾和化學過濾器等。 | 主要是采取：鏟除微生物生長的條件，控制微生物的滋生、繁殖和切斷微生物的傳播途徑。過濾和滅菌等。 |
控制目標 | 控制有害粒徑粒子濃度 | 控制微生物的產生、繁殖和傳播，同時控制其代謝物。 |
對生產工藝的危害 | 關鍵部位只要一顆灰塵就能造成產品的極大危害。 | 有害的微生物達到一定的濃度以后才能構成危害。 |
對潔凈室建筑材料的要求 | 所有材料（墻、頂、地等）不產塵、不積塵、耐摩擦 | 所有材料應耐水、耐腐且不能提供微生物滋生繁殖條件。 |
對人和物進入的控制 | 人進入要換鞋、更衣、吹淋。物進入要清洗、擦拭。 人和物要分流，潔污要分流。 | 人進入要換鞋、更衣、淋浴、滅菌；物進入要擦拭、清洗、滅菌；空氣送入要過濾、滅菌，人物分流，潔污分流。 |
檢測 | 灰塵粒子可用粒子計數器檢測瞬時粒子濃度并顯示和打印 | 微生物檢測不能測瞬時值，須經48小時培養才能讀出菌落數量 |
綜上所述，潔凈室的分類可以從氣流流型和主要控制對象兩個維度進行劃分，以滿足不同領域和場所對潔凈度的需求。
